Кирилл Копейкин родился 7 июня 1959 года в Ленинграде. В школьные годы обучался в физико-математическом лицее № 239, а затем окончил физический факультет ЛГУ имени Жданова по специальности «Физика» (кафедра статистической физики).
В 1985 году защитил диссертацию по кинетике нуклеации и получил степень кандидата наук.
Свою религиозную деятельность Кирилл Копейкин начал в 1993 году, окончив Петербургскую православную духовную семинарию, а затем Петербургскую православную духовную академию, где и остался преподавать.
В 1996 году группа универсантов обратилась к отцу Кириллу (тогда студенту Духовной академии) с просьбой стать священником университетской общины. Так началось его послушание настоятелем храмов Святых Апостолов Петра и Павла и Святой Мученицы Татьяны при СПбГУ.
В октябре 2009 года выпускник Университета протоиерей Кирилл Копейкин возглавил Научно богословский центр междисциплинарных исследований СПбГУ, будучи к тому времени не только кандидатом физико математических наук, но и кандидатом богословия. Он регулярно организовывал семинары на различные темы, посвященные диалогу науки и религии.
«Было распространено мнение, что наука и религия — это противоречащие друг другу сферы человеческого бытия. Однако мы забываем о том, что современная наука возникла именно в контексте средневековой христианской традиции. Тогда естествознание главной задачей ставило исследование того, как Бог запечатлевает Себя в творении», — говорил отец Кирилл Копейкин.
Он продолжил свои исследования, которые отражены в его работах «Что есть реальность. Размышления над произведениями Эрвина Шрёдингера» (СПбГУ, 2014), «По следам Юнга и Паули в поисках соприкосновения физического и психического миров» (СПбГУ, 2016) и многочисленных статьях.
В 2016–2019 годах доцент Кирилл Владимирович Копейкин, по данным РИНЦ, входил в топ‑100 самых продуктивных российских ученых по направлению «Религия».
Коллектив Санкт‑Петербургского государственного университета, прихожане храмов Святых Апостолов Петра и Павла и Святой Мученицы Татьяны при СПбГУ выражают глубокие соболезнования родным и близким отца Кирилла.
Совершение молитв по поводу кончины отца Кирилла будут проходить с 17:00 12 апреля 2025 в Лазареву субботу в Смольном соборе и 13 апреля 2025 в Вербное воскресение в 9:30 состоится Божественная литургия. Отпевание пройдет в этот же день в 11:00, его проведет ректор СПДА епископ Силуан. Церемония погребения начнется на Серафимовском кладбище в 13:00.