Кафедра истории славянских и балканских стран была создана в 2002 году. В 2002-2003 гг. ей заведовал А.Ю. Дворниченко, в 2003-2006 гг. – В.П. Денисенко, с 2006 г. по настоящее время – А.И. Филюшкин.
В разное время на кафедре работали: доцент Л.М. Аржакова ( в 2002-2020 гг., ныне ведущий научный сотрудник Отдела истории славянских народов Центральной Европы в Новое время Института славяноведения РАН); доцент М.Д. Долбилов (в 2007-2008 гг., ныне профессор Университета Мэриленд, США); старший преподаватель А.С. Кибинь (в 2009-2016 гг., ныне сотрудник Государственного Эрмитажа); доцент В.В. Михайленко (в 2004-2007 гг., директор Дома дружбы Лениградской области); доцент В.В. Михайлов (в 2004-2007 гг., ныне профессор ГУАП в Санкт-Петербурге); профессор С.В. Морозов (в 2007-2009 гг., ныне профессор Белгородского государственного национально-исследовательского университета); профессор Т.Г. Таирова-Яковлева (в 2003-2011 гг.); младший научный сотрудник Т.Г. Черных (в 2014-2018 гг.); доцент А. К. Шагинян (в 2006-2011 гг., ныне профессор кафедры истории народов и стран СНГ СПбГУ); доцент С.И. Щеголев (в 2003-2012 гг.); почетный профессор СПбГУ В.А. Якубский (в 2002-2013 гг.).
В 2011 г. от кафедры отделилась кафедра истории народов и стран СНГ, куда перешла часть преподавателей (Т.Г. Таирова-Яковлева, А.К. Шагинян).
Сотрудники кафедры руководили научно-исследовательскими центрами: Центром исторической психологии (с 2006 г., В.П. Денисенко, затем В.В. Василик); Центром истории Украины (в 2006-2011 гг. – Т.Г. Таирова-Яковлева).