Историк искусства, археолог, музейный деятель; действительный член Петербургской Академии художеств (1893), академик Петербургской Академии наук (1898). В 1861-1865 учился на историко-филологическом факультете Московского университета; ученик Ф. И. Буслаева. С 1869 приват-доцент , с 1877 профессор кафедры теории и истории изящных искусств Новороссийского университета в Одессе, где создал первый в России музей античных слепков; основал Одесскую рисовальную школу (также директор, 1884-1888). Участвовал в работе Московского археологического общества (1867-1889; вновь с 1899), Археологической комиссии (1876-1891), Русского археологического общества (с 1886); руководил раскопками античных памятников в Крыму, Кубанской области, на Тамани. В 1888-1897 профессор кафедры теории и истории изящных искусств Санкт-Петербургского университета; читал лекции на Высших женских курсах. Одновременно (1888-1893) был старшим хранителем Отделения средних веков и эпохи Возрождения императорского Эрмитажа. Кондаков участвовал в организации Русского археологического института в Стамбуле (1895), экспозиций икон в Третьяковской галерее и Русском музее, а также в ряде реставрационных работ. С весны 1917 читал лекции в Новороссийском университете в Одессе. В феврале 1920 эмигрировал в Болгарию, где был профессором Софийского университета; с весны 1922 до 1925 преподавал в Карловом университете в Праге. Кондаков сформировал научную школу; оказал вляние на специалистов нескольких поколений. Учениками Кондакова считали себя Д.В. Айналов, С.А. Жебелев, Е.К. Ркедин, Я. И. Смирнов, Б.А. Тураев, Б.В. Фармаковский, Г.Ф. Церетели и др. В память о Кондакове ученики издали Seminarium Kondakovianum в Праге (в 1931-1945 Археологический институт им. Н.П. Кондакова).
Приемный сын Кондакова – историк Сергей Никодимович Кондаков (1878-1940?), составитель «Юбилейного справочника Императорской Академии художеств. 1764-1914» (т. 1-2, 1914-1915).
Некоторые работы
- Археологическое путешествие по Сирии и Палестине Н. П. Кондакова. СПб., 1904.
- Византийские церкви и памятники Константинополя. Одеса, 1886.
- Владимир Васильевич Стасов. Некролог. СПб., 1907.
- Воспоминания и думы. Prague, “Seminarium Kondakavianum”, 1927.
- Греческие терракотовые статуэтки [в их отношении к искусству, религии и быту]. Одесса, 1879.
- Греческое искусство. СПб., 1893.
- Древности Константинополя: Науч.-попул. очерк. М., 1915.
- Древняя архитектура Грузии. М., 1876.
- Иерусалим христианский. Историч. очерк и памятники. СПб., 1905.
- Иконография Богоматери. [Переизд., факс. изд.] М., Паломник, 1998. Т. 1-2. (Иконография богоматери. СПб., 1914-1915. Т. 1-2.)
- Иконография богоматери. Связи греческой и русской иконописи с итальянской живописью раннего Возрождения. СПб., 1910.
- История византийского искусства и иконографии по миниатюрам греческих рукописей. Одесса, 1876.
- История и памятники византийской эмали. Соч. Н. Кондакова, проф. С.-Петерб. ун-та и старш. хранителя Эрмитажа. СПб., 1892.
- Лицевой иконописный подлинник. Историч. и иконографич. очерк. Т. 1. СПб., Ком. Попечительства о русской иконописи, 1905.
- М. П. Погодин как археолог. СПб., 1901.
- Македония. Археол. Путешествие Н.П. Кондакова. СПб., 1909.
- Мозаики мечети Кахрие-Джамиси в Константинополе. Одесса, 1881.
- Наука классической археологии и теория искусства. Одесса, 1872.
- Новая Ватиканская пинакотека. СПб., 1911.
- О фресках лестницы Киево-Софийского собора. СПб., 1888.
- Очерки и заметки по истории средневекового искусства и культуры. Прага, 1929.
- Памятники христианского искусства на Афоне. СПб., 1902.
- Русская икона. Т. 1-4. Прага, 1928-1933.
- Русская икона: Альбом. Прага, Seminarium Kondakavianum, 1928.
- Русские клады. Исследование древностей великокняжеского периода. СПб., 1896.
- Современное положение русской народной иконописи. СПб., 1901.
- Указатель Отделения средних веков и эпохи Возрождения. Сост. старший хранитель Н. Кондаков. СПб., 1891.